L’année 2026 marque une nouvelle étape dans la régulation des arrêts maladie. Entre maîtrise des dépenses sociales, ajustements techniques liés au Smic et arbitrages politiques sensibles, le régime des arrêts de travail évolue sur plusieurs fronts. La loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS) pour 2026, conjuguée au Budget de l’État, redessine un cadre plus encadré, tout en laissant subsister d’importantes différences entre secteur privé et fonction publique.
Indemnités journalières : des règles stables, mais un plafond revalorisé
En matière d’indemnisation, les principes de calcul des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) demeurent inchangés. En cas d’arrêt maladie non professionnelle, l’indemnité journalière reste fixée à 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir de la moyenne des rémunérations brutes des trois mois précédant l’arrêt.
En revanche, la revalorisation du Smic au 1er janvier 2026 entraîne mécaniquement une hausse du plafond de salaire pris en compte. Depuis avril 2025, ce plafond est limité à 1,4 fois le Smic mensuel, contre 1,8 auparavant. En 2026, il est porté à 2 552,25 euros bruts par mois.
Conséquence directe : pour les arrêts débutant à compter du 1er février 2026, le montant maximal de l’IJSS maladie atteint 41,95 euros bruts par jour, contre 41,47 euros pour les arrêts antérieurs. Ce plafond s’applique tant aux salariés qu’aux demandeurs d’emploi indemnisés, sous réserve de remplir les conditions d’ouverture de droits.
Le délai de carence, fixé à trois jours, reste inchangé : le versement des IJSS débute toujours à partir du quatrième jour d’arrêt, sauf exceptions prévues par la réglementation (affections de longue durée, rechutes ou arrêts rapprochés).
LFSS 2026 : vers un encadrement inédit de la durée des arrêts
La principale nouveauté introduite par la LFSS pour 2026 concerne la durée des arrêts de travail. Pour la première fois, le législateur prévoit la fixation de durées maximales pour les arrêts prescrits.
Le principe retenu est celui d’un plafonnement de l’arrêt initial, qui ne pourrait excéder un mois. En cas de renouvellement, une durée maximale de deux mois serait envisagée, sous réserve d’une justification médicale spécifique. Les médecins conserveraient la faculté de déroger à ces plafonds, mais devraient alors motiver leur décision.
À ce stade, ces mesures restent conditionnées à la publication de décrets d’application. Tant que ces textes ne sont pas parus, le dispositif n’est pas pleinement opérationnel, ce qui impose aux employeurs et aux services RH une vigilance particulière.
Autre évolution notable : les accidents du travail et maladies professionnelles (AT-MP) sont également concernés. Jusqu’à présent, aucun plafond légal n’encadrait la durée d’indemnisation de ces arrêts. La LFSS 2026 introduit, là encore, le principe d’une durée maximale, dont les modalités de suivi, de réévaluation et de reprise partielle du travail devront être précisées par voie réglementaire.
Congés payés et arrêt maladie : un cadre désormais stabilisé
Sur le terrain des congés payés, les règles issues de la réforme de 2024 et des décisions jurisprudentielles récentes sont pleinement confirmées en 2026.
Les salariés en arrêt pour maladie non professionnelle continuent d’acquérir des congés payés à hauteur de deux jours ouvrables par mois d’absence, dans la limite de vingt-quatre jours ouvrables par période de référence. En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, l’acquisition demeure fixée à deux jours et demi par mois, sans plafond annuel.
Les règles de report sont désormais clarifiées : lorsque les congés n’ont pu être pris en raison d’un arrêt maladie, ils peuvent être reportés sur une période de quinze mois. Le point de départ de ce délai varie selon la situation du salarié, ce qui impose un suivi précis des droits acquis pendant et hors période d’absence.
Pour les employeurs, la distinction entre congés acquis en arrêt maladie et congés acquis en période travaillée reste un point de vigilance essentiel afin de sécuriser les pratiques de paie et de gestion des absences.
Fonction publique : le recul du gouvernement sur les jours de carence
Côté fonction publique, le Budget 2026 a donné lieu à d’intenses débats. Le projet initial prévoyait un alignement sur le secteur privé avec le passage de un à trois jours de carence non rémunérés en cas d’arrêt maladie. Cette mesure a finalement été abandonnée à la suite des arbitrages rendus dans le cadre de l’adoption du budget, marquée par le recours à l’article 49-3.
Les critiques portaient notamment sur le caractère jugé inéquitable et inefficace de la mesure. Plusieurs amendements ont souligné que la majorité des salariés du secteur privé bénéficient, via leur entreprise ou leur convention collective, d’un maintien de salaire dès les premiers jours d’absence.
Le retrait de cette disposition intervient toutefois dans un contexte déjà tendu pour les agents publics. Depuis le 1er mars 2025, la rémunération des congés maladie ordinaires est limitée à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant. Cette réforme visait un objectif d’économies estimé à 900 millions d’euros sur un an.
Des enjeux opérationnels majeurs pour les employeurs et les RH
En 2026, la gestion des arrêts maladie devient un exercice de plus en plus technique. Entre plafonds d’indemnisation, maintien de salaire conventionnel, acquisition de congés payés et durées maximales à venir, les employeurs doivent adapter leurs outils de paie et de suivi des absences.
La publication attendue des décrets d’application de la LFSS 2026 constituera une étape décisive. D’ici là, une veille juridique active et une information claire des salariés apparaissent indispensables pour sécuriser les pratiques et anticiper les évolutions à venir.